La Pontificia Università della Santa Croce è attualmente costituita dalle Facoltà di Teologia, Diritto Canonico, Filosofia e Comunicazione Sociale Istituzionale, complete dei tre cicli del curriculum universitario.
I titoli accademici conferiti - Baccellierato, Licenza e Dottorato - hanno piena validità canonica, e civile a seconda degli Stati che li riconoscono.
Esso si caratterizza per la metodologia didattica del complex learning, conferendo il titolo di Laurea in Scienze Religiose, al termine del primo ciclo, e di Laurea magistrale in Scienze Religiose, al termine del biennio specialistico.
Completano l’offerta accademica anche un Dipartimento di Lingue, che coordina l'insegnamento delle lingue sia classiche che moderne, il Dipartimento Didattica & Digital Learnig che si occupa di formazione ai docenti e dei corsi online, ed infine un Centro di Formazione Sacerdotale di carattere interdisciplinare, che offre formazione pastorale e spirituale in modo sistematico.
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