Secondo un’antica tradizione, Sant’Apollinare fu il primo Vescovo di Ravenna, consacrato ed inviato ad evangelizzare quella regione direttamente da San Pietro.
La prima chiesa in suo onore eretta in Roma fu costruita tra la metà del VII e gli inizi del VIII secolo, cioè in piena dominazione bizantina. Probabilmente, i primi religiosi che occuparono la chiesa furono monaci basiliani, rifugiatisi a Roma a causa delle persecuzioni iconoclaste: spetterebbe a loro la traslazione di alcuni martiri nel sotterraneo della primitiva Chiesa. Dal 1284, invece, è la prima testimonianza di un collegio di canonici che durò fino al 1576. La Basilica diventò parrocchia nel 1562 e tale rimase fino al 1824.
A partire dal 1574 e fino al 1773 fu legata al Collegio Germanico (poi Collegio Germanico-Ungarico) che ebbe come sede l'attuale Palazzo dell'Università. La primitiva Basilica fu demolita e ricostruita per iniziativa del Papa Benedetto XIV, su progetto di Ferdinando Fuga (1699-1782), architetto dei Sacri Palazzi. Oggi è un tipico esempio di transizione barroco-neoclassica. Dal 1825 fu sede del Pontificio Seminario Romano.
Dal 1990 è diventata sede della Cappellania della Pontificia Università della Santa Croce.
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