Secondo un’antica tradizione, Sant’Apollinare fu il primo Vescovo di Ravenna, consacrato ed inviato ad evangelizzare quella regione direttamente da San Pietro.
Il Palazzo di Sant'Apollinare fu dal XIV al XVI secolo residenza di cardinali, tra cui Napoleone Orsini (intorno al 1308), Pietro di Luna (poi antipapa Benedetto XIII, 1394-1423), Branda Castiglioni, Guglielmo d’Estouteville. Nel 1495 vi dimorò il siniscalco Belcari.